4年後，如今地球已經冇有再遭受到怪獸，甚至是外星侵略者的侵害，但是，即便如此，新幻影小隊的眾人還是時刻保持著警惕和戒備，因為他們無法預料到會不會有新的危機出現。
同時，為了對抗未知危險的到來，以及更好的守護這顆星球，新幻影小隊決定在S市建立新的基地，並派遣小隊前往新基地駐守。
然而，就在這時，神秘的黑影再次悄然出現……